CNC系统软件结构的另一个特点时实时中断处理。CNC系统程序以零件加工为对象，每个程序段中有许多子程序，它们按照预定的顺序反复执行，各个步骤间关系十分密切，有许多子程序的实时性很强，这就决定了中断成为整个系统不可缺少的重要组成部分。CNC系统的中断管理主要由硬件完成，而系统的中断结构决定了软件结构。
CNC的中断类型如下：
（1）外部中断 主要有纸带光电阅读机中断、外部监控中断（如：紧急停、量仪到位等）和键盘操作面板输入中断。前两种中断的实时性要求很高，将它们放在较高的优先级上，而键盘和操作面板的输入中断则放在较低的中断优先级上。在有些系统中，甚至用查询的方式来处理它。
（2）内部定时中断 主要有插补周期定时中断和位置采样定时中断。在有些系统中将两种定时中断合二为一。但是在处理时，总是先处理位置控制，然后处理插补运算。
（3）硬件故障中断 它是各种硬件故障检测装置发出的中断。如存储器出错，定时器出错，插补运算超时等。
（4）程序性中断 它是程序中出现的异常情况的报警中断。如：各种溢出，除零等。